Les bactéries intestinales et ce dont elles se nourrissent

Quels aliments nourrissent quels microbes, et des gestes simples pour prendre soin de votre intestin.

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Les différents microbes préfèrent des aliments différents. Ouvrez une section à la fois.

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Types de bactéries intestinales et ce dont elles se nourrissent

Il existe des milliers d’espèces dans l’intestin, et chaque groupe a ses aliments préférés. Les scientifiques ne les considèrent pas simplement comme « bonnes » ou « mauvaises ». Le contexte, la souche et l’équilibre comptent. Voici quelques groupes bien étudiés :

Bifidobacterium

Elles sont courantes dans l’intestin, ainsi que dans certains probiotiques et produits laitiers fermentés. Elles se nourrissent de fibres prébiotiques comme l’inuline et les fructo-oligosaccharides, présents dans les oignons, l’ail, les poireaux, les asperges, les bananes et l’avoine. Elles produisent de l’acétate et de l’acide lactique, qui aident à garder un environnement intestinal sain.

Lactobacillus et groupes apparentés

On les trouve dans les yaourts à ferments vivants, le kéfir, la choucroute et le kimchi. Ils transforment les sucres en acide lactique par fermentation. On pense que de nombreuses souches probiotiques traversent l’intestin plutôt que de s’y installer durablement. Le groupe a été réorganisé en plusieurs genres en 2020.

Faecalibacterium prausnitzii

L’une des principales bactéries productrices de butyrate, lequel nourrit les cellules de la paroi du côlon et a des effets anti-inflammatoires. Elle se nourrit des fibres des fruits, des légumes, des légumineuses et des céréales complètes. Ses niveaux sont plus bas dans les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, et des niveaux plus élevés ont été associés à une meilleure qualité de vie dans une vaste étude de 2019.

Roseburia, Coprococcus et d’autres producteurs de butyrate

Ces bactéries transforment aussi les fibres et l’amidon résistant (présent dans les céréales complètes, les légumineuses, et les pommes de terre ou le riz refroidis) en butyrate. Coprococcus était moins présent chez les personnes ayant une dépression dans l’étude de 2019 mentionnée plus haut. Il s’agit d’une association.

Akkermansia muciniphila

Elle vit dans la couche protectrice de mucus de l’intestin et se nourrit de mucine. Des taux plus élevés sont associés à la santé métabolique et à une paroi intestinale en bonne santé. Certaines recherches, surtout menées chez l’animal, suggèrent que les aliments riches en polyphénols (baies, grenade, canneberge) et les fibres végétales pourraient la favoriser. Les données chez l’être humain restent limitées.

Bacteroides et Prevotella

Deux grands groupes courants. Prevotella a été associé à une alimentation riche en végétaux, de type méditerranéen, et à la production d’acides gras à chaîne courte (De Filippis et al., 2016). Bacteroides a été associé à une alimentation plus riche en protéines et en graisses d’origine animale, même si les études portant sur des sous-groupes plus fins montrent que le tableau est plus complexe. Aucun des deux n’est « mauvais ». Ils reflètent des habitudes alimentaires à long terme.

Des microbes qui peuvent poser problème

Certains microbes peuvent proliférer quand l’équilibre est perturbé. Clostridioides difficile peut proliférer après la prise d’antibiotiques et provoquer une diarrhée sévère. Certaines Enterobacteriaceae, comme quelques souches d’E. coli, ont tendance à augmenter en cas d’inflammation de l’intestin. Consultez un médecin en cas de diarrhée sévère ou persistante.

À retenir : une alimentation variée et surtout végétale nourrit de nombreux groupes à la fois, c’est pourquoi la diversité est l’objectif.

Comment prendre soin de votre intestin et de votre humeur
  • Mangez une grande variété de végétaux. Dans une vaste étude de science citoyenne (l’American Gut Project), les personnes qui mangeaient plus de 30 sortes de végétaux différentes par semaine avaient des microbes intestinaux plus diversifiés que celles qui en mangeaient 10 ou moins. Ces nombres étaient déclarés par les participants eux-mêmes, ce qui montre une association. Légumes, fruits, céréales complètes, haricots, lentilles, noix, graines, herbes et épices comptent tous.
  • Consommez assez de fibres. Aux États-Unis, la plupart des adultes en mangent bien moins que la quantité recommandée, souvent autour de 15 grammes par jour. Un objectif courant est de 14 grammes pour 1 000 kcal, soit environ 25 grammes par jour pour les femmes et 38 pour les hommes (recommandations américaines ; les objectifs varient selon le pays et l’âge). Augmentez progressivement et buvez de l’eau pour limiter les gaz et les ballonnements.
  • Ajoutez des aliments fermentés. Dans un essai mené en 2021 à Stanford auprès de 36 adultes en bonne santé, 10 semaines à manger davantage d’aliments fermentés (comme le yaourt, le kéfir, le kimchi et le kombucha) ont augmenté la diversité des microbes et réduit des marqueurs d’inflammation. Une alimentation riche en fibres n’a pas augmenté la diversité sur la même période. Il s’agissait d’une petite étude, de courte durée. Choisissez des produits à cultures vivantes et commencez par de petites portions.
  • Essayez un modèle alimentaire de type méditerranéen. Dans l’essai SMILES, des adultes ayant une dépression modérée à sévère ont bénéficié d’un soutien diététique pour suivre un régime méditerranéen modifié pendant 12 semaines. Ils ont connu une plus grande amélioration qu’un groupe de comparaison ayant reçu un soutien social. Il s’agissait d’un petit essai, qui n’a pas mesuré les microbes intestinaux, et le régime s’ajoutait aux soins habituels sans les remplacer.
  • Limitez ce qui a tendance à jouer contre vous. Les habitudes alimentaires riches en aliments ultra-transformés sont associées, dans des études observationnelles, à une probabilité plus élevée de dépression (Lane et al., 2022). Ces études montrent une association, pas la preuve d’un lien de cause à effet.
  • Bougez, dormez et apaisez votre stress. Une activité physique régulière, un sommeil stable et les pratiques de réduction du stress ont toutes une influence sur la digestion et les signaux de l’intestin. Consultez nos Outils pour des pratiques de respiration et de méditation.
  • Utilisez les antibiotiques avec discernement. Prenez-les uniquement lorsqu’un professionnel de santé vous les prescrit, et exactement comme indiqué.
Et les probiotiques ? Les probiotiques sont des microbes vivants vendus sous forme de compléments. Le National Center for Complementary and Integrative Health (États-Unis) indique que des données solides manquent pour la plupart des usages, avec un certain appui pour des problèmes de santé comme la diarrhée associée aux antibiotiques. Les effets dépendent de la souche précise, et les résultats des essais en santé mentale ont été contrastés. Ils causent généralement peu d’effets indésirables, mais les personnes dont le système immunitaire est affaibli ou qui ont une maladie grave, ainsi que les nourrissons nés prématurément, peuvent courir des risques sérieux. Parlez-en d’abord à votre médecin. Les probiotiques ne remplacent pas un traitement de la dépression ou de l’anxiété.
Quand demander de l’aide : Parlez-en à un médecin si vous constatez des changements durables de votre transit, du sang dans les selles, une perte de poids inexpliquée ou une douleur intense, ou si des symptômes digestifs s’accompagnent de symptômes d’humeur. Évitez les régimes stricts ou les cures détox sans accompagnement et, si les pensées liées à l’alimentation envahissent votre esprit, contactez un professionnel ou une professionnelle qui accompagne les difficultés liées à l’alimentation. Si une humeur basse ou de l’anxiété pèse sur votre vie, l’aide d’une personne qualifiée en santé mentale (psychologue, psychothérapeute, psychiatre) peut être précieuse. Voir Comment choisir un ou une thérapeute. Si vous êtes en crise, appelez le 3114 (France), le 988 (Canada, ou le 1 866 APPELLE au Québec), le 0800 32 123 (Belgique) ou le 143 (Suisse), ou composez votre numéro d’urgence local.
Sources

Sources pour la section sur l’axe intestin-cerveau

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Within Your Light est une plateforme éducative. Nous ne donnons ni avis médical, ni diagnostic, ni recommandation de traitement. Cette page a une visée éducative uniquement et ne remplace pas l’avis d’un professionnel de santé. Consultez toujours un professionnel de santé avant d’apporter des changements importants à votre alimentation ou si vous vous inquiétez pour votre santé mentale.